636-0017-00L  Molecular Evolution, Phylogenetics and Phylodynamics

SemesterHerbstsemester 2015
DozierendeT. Stadler
Periodizitätjährlich wiederkehrende Veranstaltung
LehrspracheEnglisch



Lehrveranstaltungen

NummerTitelUmfangDozierende
636-0017-00 GMolecular Evolution, Phylogenetics and Phylodynamics
Lecture will take place from 3-5pm weekly. Tutorials (starting 28.09.) biweekly from 5-7pm.
3 Std.
Mo15:15-17:00LEE E 101 »
Mo/2w17:15-19:00LEE E 101 »
T. Stadler

Katalogdaten

KurzbeschreibungThe aim of the course is to provide up-to-date knowledge on how we can obtain an understanding of the evolution and population dynamics of organisms based on their genetic sequencing data, employing key concepts from molecular evolution, phylogenetics and phylodynamics. Throughout the course, we tie the models and methods closely with applications, mainly in the field of epidemiology and evolution
LernzielAttendees will learn what information is contained in genetic sequencing data and how this information is extracted from the sequencing data. The main concepts introduced are:
* models in molecular evolution
* phylogenetic & phylodynamic inference
* maximum likelihood and Bayesian statistics
* stochastic processes
Attendees will apply these concepts to a number of applications yielding biological insight into:
* epidemiology
* pathogen evolution
* macroevolution of species
InhaltThe course consists of three parts. We first introduce mechanisms and concepts of molecular evolution, i.e. we discuss how genetic sequences change over time. Second, we employ these evolutionary concepts to infer ancestral relationships between organisms based on their genetic sequences, i.e. we discuss methods to infer genealogies and phylogenies. We finally introduce the field of phylodynamics. The aim of that field is to understand and quantify the population dynamic processes (such as transmission in epidemiology or speciation & extinction in macroevolution) based on a phylogeny. Throughout the class, the models and methods are illustrated on different datasets giving insight into the epidemiology and evolution of a range of infectious diseases (e.g. HIV, HCV, influenza, Ebola). Applications of the methods to the field of macroevolution provide insight into the evolution and ecology of different species clades.
SkriptSlides of the lecture will be available online.
LiteraturThe course is not based on any of the textbooks below, but they are excellent choices as accompanying material:
* Yang, Z. 2006. Computational Molecular Evolution.
* Felsenstein, J. 2004. Inferring Phylogenies.
* Semple, C. & Steel, M. 2003. Phylogenetics.
* Drummond, A. & Bouckaert, R. 2015. Bayesian evolutionary analysis with BEAST.
Voraussetzungen / BesonderesBasic knowledge in linear algebra, analysis, and statistics.

Leistungskontrolle

Information zur Leistungskontrolle (gültig bis die Lerneinheit neu gelesen wird)
Leistungskontrolle als Semesterkurs
ECTS Kreditpunkte4 KP
PrüfendeT. Stadler
FormSessionsprüfung
PrüfungsspracheEnglisch
RepetitionDie Leistungskontrolle wird in jeder Session angeboten. Die Repetition ist ohne erneute Belegung der Lerneinheit möglich.
Prüfungsmodusmündlich 15 Minuten
Diese Angaben können noch zu Semesterbeginn aktualisiert werden; verbindlich sind die Angaben auf dem Prüfungsplan.

Lernmaterialien

 
HauptlinkMEPP Materials
Es werden nur die öffentlichen Lernmaterialien aufgeführt.

Gruppen

Keine Informationen zu Gruppen vorhanden.

Einschränkungen

Keine zusätzlichen Belegungseinschränkungen vorhanden.

Angeboten in

StudiengangBereichTyp
Biologie MasterWahlpflicht MasterkurseWInformation
Biologie MasterWahlpflicht MasterkurseWInformation
Biologie MasterWahlpflicht MasterkurseWInformation
Biotechnologie MasterWahlfächerWInformation
Computational Biology and Bioinformatics MasterKernfächerWInformation
Gesundheitswissenschaften und Technologie MasterModul: InfektionskrankheitenWInformation
Gesundheitswissenschaften und Technologie MasterWahlfächer IIWInformation
Lebensmittelwissenschaft MasterOptionale FächerWInformation
Mathematik MasterBiologyWInformation
Rechnergestützte Wissenschaften BachelorWeitere Wahlfächer aus den Vertiefungsgebieten (RW Master)WInformation
Rechnergestützte Wissenschaften MasterBiologieWInformation
Umweltnaturwissenschaften MasterA. PrinzipienWInformation