Ab 2. November 2020 findet das Herbstsemester 2020 online statt. Ausnahmen: Veranstaltungen, die nur mit Präsenz vor Ort durchführbar sind.
Bitte beachten Sie die per E-Mail kommunizierten Informationen der Dozierenden.

551-1299-00L  Introduction to Bioinformatics

SemesterHerbstsemester 2018
DozierendeS. Sunagawa, M. Gstaiger, A. Kahles, G. Rätsch, B. Snijder, E. Vayena, C. von Mering, N. Zamboni
Periodizitätjährlich wiederkehrende Veranstaltung
LehrspracheEnglisch
KommentarNumber of participants limited to 50.



Katalogdaten

KurzbeschreibungThis course introduces principle concepts, the state-of-the-art and methods used in the field of Bioinformatics. Major topics include: genomics, metagenomics, network bioinformatics, and imaging. Lectures are accompanied by practical exercises that involve the use of common bioinformatic methods and basic programming.
LernzielThe course will provide students with the theoretical background in the area of genomics, metagenomics, network bioinformatics and imaging. In addition, students will acquire basic skills in applying modern methods that are used in these sub-disciplines of Bioinformatics. Students will thus be able to access and analyze DNA sequence information, construct and interpret networks that emerge though interactions of e.g. genes/proteins, and extract information based on computer-assisted image data analysis. Students will also be able to assess the ethical implications of access to and generation of new and large amounts of information as they relate to the identifiability of a person and the ownership of data.
InhaltEthics
Case studies to learn about applying ethical principles in human genomics research

Genomics
Genetic variant calling
Analyze and critical evaluate genome wide association studies

Metagenomics
Reconstruction of microbial genomes
Microbial community compositional analysis
Quantitative metagenomics

Network bioinformatics
Inference of molecular networks
Use of networks for interpretation of (gen)omics data

Imaging
High throughput single cell imaging
Image segmentation
Automatic analysis of drug effects on single cell suspension (chemotyping)
Voraussetzungen / BesonderesBringing your own laptop is a prerequisite for taking this course.

Leistungskontrolle

Information zur Leistungskontrolle (gültig bis die Lerneinheit neu gelesen wird)
Leistungskontrolle als Semesterkurs
ECTS Kreditpunkte6 KP
PrüfendeS. Sunagawa, M. Gstaiger, A. Kahles, G. Rätsch, B. Snijder, E. Vayena, C. von Mering, N. Zamboni
FormSessionsprüfung
PrüfungsspracheEnglisch
RepetitionDie Leistungskontrolle wird in jeder Session angeboten. Die Repetition ist ohne erneute Belegung der Lerneinheit möglich.
Prüfungsmodusschriftlich 150 Minuten
Zusatzinformation zum PrüfungsmodusThe exam can take place on the computer.
Hilfsmittel schriftlichKeine
Diese Angaben können noch zu Semesterbeginn aktualisiert werden; verbindlich sind die Angaben auf dem Prüfungsplan.

Lernmaterialien

Keine öffentlichen Lernmaterialien verfügbar.
Es werden nur die öffentlichen Lernmaterialien aufgeführt.

Lehrveranstaltungen

NummerTitelUmfangDozierende
551-1299-00 GIntroduction to Bioinformatics
Lecture: Mo 15-17
Exercises: Mo 17-19
4 Std.
Mo15-17HG E 3 »
17-19HG D 11 »
17-19HG D 12 »
29.10.15-17HG F 3 »
12.11.18-19HG E 3 »
17.12.17-19HG E 3 »
S. Sunagawa, M. Gstaiger, A. Kahles, G. Rätsch, B. Snijder, E. Vayena, C. von Mering, N. Zamboni

Gruppen

Keine Informationen zu Gruppen vorhanden.

Einschränkungen

PlätzeMaximal 50
VorrangDie Belegung der Lerneinheit ist nur durch die primäre Zielgruppe möglich
Primäre ZielgruppeBiologie BSc (552300)
Biologie MSc (562000)
WartelisteBis 21.09.2018

Angeboten in

StudiengangBereichTyp
Biologie BachelorKonzeptkurseWInformation
Biologie MasterWahlpflicht KonzeptkurseWInformation
Biologie MasterWahlpflicht KonzeptkurseWInformation
Biologie MasterWahlpflicht KonzeptkurseWInformation
Biologie MasterWahlpflicht KonzeptkurseWInformation
Biologie MasterZusätzliche KonzeptkurseWInformation
Biologie MasterZusätzliche KonzeptkurseWInformation
Biologie MasterZusätzliche KonzeptkurseWInformation