261-5112-00L
Algorithms and Data Structures for Population Scale Genomics
Semester
Herbstsemester 2021
Dozierende
Noch nicht bekannt
Periodizität
jährlich wiederkehrende Veranstaltung
Lehrveranstaltung
Findet dieses Semester nicht statt.
Lehrsprache
Englisch
Kommentar
Number of participants limited to 30.
Lehrveranstaltungen
Nummer
Titel
Umfang
Dozierende
261-5112-00 G
Algorithms and Data Structures for Population Scale Genomics
Findet dieses Semester nicht statt. Course will be offered again in FS 2022.
2 Std.
Noch nicht bekannt
Katalogdaten
Kurzbeschreibung
Research in Biology and Medicine have been transformed into disciplines of applied data science over the past years. Not only size and inherentcomplexity of the data but also requirements on data privacy and complexity of search and access pose a wealth of new research questions.
Lernziel
This interactive course will explore the latest research on algorithms and data structures for population scale genomics applications and give insights into both the technical basis as well as the domain questions motivating it.
Inhalt
Over the duration of the semester, the course will cover three main topics. Each of the topics will consist of 70-80% lecture content and 20-30% seminar content. 1) Algorithms and data structures for text and graph compression. Motivated through applications in compressive genomics, the course will cover succinct indexing schemes for strings, trees and general graphs, compression schemes for binary matrices as well as the efficient representation of haplotypes and genomic variants. 2) Stochastic data structures and algorithms for approximate representation of strings and graphs as well as sets in general. This includes winnowing schemes and minimizers, sketching techniques, (minimal perfect) hashing and approximate membership query data structures. 3) Data structures supporting encryption and data privacy. As an extension to data structures discussed in the earlier topics, this will include secure indexing using homomorphic encryption as well as design for secure storage and distribution of data.
Leistungskontrolle
Information zur Leistungskontrolle (gültig bis die Lerneinheit neu gelesen wird)
Leistungskontrolle als Semesterkurs
ECTS Kreditpunkte
3 KP
Prüfende
Form
Sessionsprüfung
Prüfungssprache
Englisch
Repetition
Die Leistungskontrolle wird nur in der Session nach der Lerneinheit angeboten. Die Repetition ist nur nach erneuter Belegung möglich.
Prüfungsmodus
mündlich 20 Minuten
Diese Angaben können noch zu Semesterbeginn aktualisiert werden; verbindlich sind die Angaben auf dem Prüfungsplan.
Lernmaterialien
Keine öffentlichen Lernmaterialien verfügbar.
Es werden nur die öffentlichen Lernmaterialien aufgeführt.
Leistungskontrolle als Semesterkurs